Ванагикса расположен на одном из западных склонов перуанских Анд. Одноименный пик горной вершины достигает высоты 6000 м. Данный хребет имеет две почти ровных «площадки», на которых разместились древний и современный Ванагикса. Современный Ванагикса( можно назвать его Ванагикса-нео/сити) расположен на ровной, более крупной «площадке» на высоте 3850 м. Древний Ванагикса находится немного западнее, на плато которое является скорее искусственным, так как город буквально врезается в склон хребта на высоте 4500 м. На том же уровне рядом с Древним Ванагикса располагается научно-исследовательский поселок. Горный пик Ванагикса окружен горными хребтами до 6000-6750м, горный массив здесь довольно дикий. На склонах гор можно встретить диких лам и альпаков, на вершинах увидеть типичных кондоров, горы местами изрезанны черной вулканической породой, на высочайших точках круглый год лежит снег. Сам пик Ванагикса заснежен. До города ведет серпантин, выше, дорог доступных для транспорта нет, лишь тропы протоптаные  местными жителями и горными животными и канатки.